1993 yılında İstanbul Teknik Üniversitesi Elektrik Elektronik Fakültesi Elektrik Mühendisliği Bölümünden mezun oldu. Üç senelik (Elektrik Mühendisliği) iş hayatının ardından 1996 yılında İstanbul Üniversitesi, İşletme Fakültesi, Sayısal Yöntemler Anabilim Dalı'nda Yüksek Lisans programına başladı. Aynı yıl İstanbul Üniversitesi, İşletme Fakültesi, Sayısal Yöntemler Dalı’nda Araştırma Görevlisi olarak çalışmaya başladı. 1998 yılında İstanbul Üniversitesi, İşletme Fakültesi, Sayısal Yöntemler Anabilim Dalı’nda “Elektrik Enerjisi Tüketiminde Reaktif Güç Kompanzasyonunun Ekonomik Açıdan İncelenmesi” konusunda hazırlamış olduğu yüksek lisans tezi ile bilim uzmanı ünvanını aldı. Bir yıl süre ile Amerika Birleşik Devletlerinde "University of Illinois at Urbana Champaign"’nde doktora tez çalışmaları sonrasında "Toplam Kalite Yönetimi Uygulamalarının Yapısal Eşitlik Modeli ile Analizi" konusunda hazırlamış olduğu doktora tezi ile bilim doktoru unvanını aldı. Eylül 2005’de Yardımcı Doçent, Ocak 2009’da Doçent, Haziran 2014’de Profesör oldu.

Kitap, kitap bölüm yazarlıkları bulunan, çok sayıda uluslararası, ulusal makaleler ve bildiriler yayınlayan ve çeşitli dergilerde yardımcı editörlük görevlerini yerine getiren Ergün Eroğlu, çok sayıda ulusal ve uluslararası derginin hakem kurulunda yer almaktadır.

İstanbul Üniversitesi İşletme Fakültesi, Sayısal Yöntemler Anabilim Dalı’nda Profesör olarak görevine devam eden Ergün EROĞLU, 2007 – 2010 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Ulaştırma ve Lojistik Yüksek Okulunda Müdür Yardımcılığı ve Lojistik Yönetimi Anabilim Dalı Başkanlığı yapmıştır. Bunun yanında İstanbul Üniversitesi İşletme Fakültesi Fakülte Kurulu ve Fakülte Yönetim Kurullarında üç yıl süre ile görev yapmıştır.

Eroğlu, İstanbul Üniversitesi İşletme Fakültesi, İşletme İktisadı Enstitüsü ve Ulaştırma ve Lojistik Fakültesi başta olmak üzere bir çok diğer fakülte ve diğer üniversitelerin Lisans ve Lisansüstü Programlarda Temel Matematik, İşletme Matematiği, İstatistik, İşletmelerde Sayısal Karar Verme Teknikleri, İstatistik Analiz, Proje Yönetimi, Simülasyon ve Lojistik Modelleme, Yöneylem Araştırması, Matematik Programlama, Toplam Kalite ve Süreç Yönetimi, Bilgisayar Destekli Sayısal Karar Verme ve Finansal Matematik ve Portföy Optimizasyonu derslerini yürütmüştür.

Halen İ. Ü. İşletme Fakültesi Sayısal Yöntemler Anabilim Dalı Öğretim Üyesi ve İ. Ü. Ulaştırma ve Lojistik Fakültesi Dekan Yardımcılığı görevlerini sürdürmektedir. Eroğlu, evli ve 2 çocuk babasıdır.